Dan pada tahun 1930-an, karena perjuangannya, beliau sering masuk penjara dan harus menjalani hidup di pengasingan.
Menjelang kemerdekaan, beliau menjadi anggota BPUPKI dan menjadi ketua PPKI. Sumbangan pemikiran dan peranannya dalam kedua badan tersebut sangatlah menonjol. Pada tanggal 1 Juni 1945 beliau menyampaikan usul dasar-dasar negara dalam sidang BPUPKI. Beliau mengusulkan nama Pancasila sebagai dasar negara Indonesia.
Bersama dengan Bung Hatta, sebagai wakil rakyat Indonesia, beliau memproklamasikan kemerdekaan Indonesia. Pada tahun 1948, bersama para pemimpin Indonesia lainnya, diasingkan ke Pulau Bangka. Namun pada tahun 1949, beliau dipulangkan ke Yogyakarta dan dipilih menjadi Presiden RIS.
Beliau menyerahkan pemerintahan kepada Jenderal Soeharto pada tanggal 20 Februari 1967. Pada tanggal 21 Juni 1970, beliau wafat di Rumah Sakit Angkatan Darat Gatoto Subroto, Jakarta. Beliau wafat setelah menderita sakit ginjal dan dimakamkan di Blitar, Jawa Timur.