1. Bakteri Autotrof dan Heterotrof.
Berdasar cara memperoleh makanan, bakteri dibedakan menjadi 2 yaitu autotrof dan heterotrof.
a). Bakteri autotrof adalah bakteri yang dapat membuat makanan sendiri dari senyawa anorganik. Berdasar asal sumber energi yang digunakan untuk menyusun makanan, bakteri dibedakan menjadi 2 yaitu :
1. Bakteri fotoautotrof adalah bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri menggunakan energi yang berasal dari cahaya matahari atau proses fotosintesis.
Seperti bakteri Rhodopseudomonas (berwarna merah dan tidak menghasilkan belerang), Thiocystis (berwarna ungu kemerahan dan menghasilkan belerang), Chlorobium (berwarna hijau, befotosintesis bila ada hydrogen sulfide dan menghasilkan belerang).
2. Bakteri kemoautotrof adalah bakteri yang dapat membuat makanannya sendiri dengan menggunakan energi kimia. Seperti Thiobacillus ferroxidans.
Bakteri nitrifikasi adalah bakteri yang mengoksidasi amonia (Nitrosomonas, Nitrosococcus) dan nitrit (Nitrobacter).
Bakteri denitrifikasi adalah bakteri yang mereduksi senyawa nitrat menjadi nitrit dan nitrit menjadi amonia. Senyawa nitrit dan amonia merupakan racun bagi tanaman.
Golongan bakteri denitrifikasi adalah genus Pseudomonas, Microccus, Beggiatoa, dan Bacillus.
b). Bakteri heterotrof adalah bakteri yang memeroleh makanan berupa senyawa organik dari organisme lainnya. Bakteri heterotrof dapat hidup secara :
1. Bakteri saproba (pengurai).
Adalah bakteri yang memperoleh makanan dengan cara menguraikan organisme yang sudah mati atau bahan organik lainnya. Bakteri saprobe merupakan organisme pengurai (decomposer) bangkai, tumbuhan yang sudah mati, dan sampah.
2. Bakteri parasit.
Adalah bakteri yang mendapatkan makanan dari tubuh organisme lain yang ditumpanginya. Pada umumnya bersifat patogen bagi tubuh inang.
Beberapa bakteri patogen bersifat oportunis, artinya bakteri hidup dalam tubuh inang dan dapat menyebabkan penyakit apabila sistem kekebalan tubuh inang melemah karena berbagai faktor.
3. Bakteri yang bersimbiosis mutualisme.
Adalah bakteri yang mendapatkan makanan dari organisme lain, tetapi mampu memberikan keuntungan bagi organisme pasangan simbiosisnya.
