Dalam pertempuran melawan tentara Jayakatwang, pasukannya kalah. Akhirnya beliau melarikan diri ke desa Kudadu bersama para pengikutnya.
Selanjutnya beliau menyingkir ke Madura dan meminta bantuan Wiraraja, adipati Sumenep. Atas saran Wiraraja, Raden Wijaya menyerahkan diri kepada Jayakatwang dan mengabdikan diri kepadanya.
Raden Wijaya diizinkan membuka Hutan Tarik. Daerah inilah yang kemudian berkembang menjadi pusat kerajaan Majapahit. Raden Wijaya menyusun rencana dan kekuatan untuk menyerang Jayakatwang.
Saat itu datang pasukan Kubilai Khan dari Cina dengan tujuan menghancurkan kerajaan Singasari. Mereka tidak mengetahui jika kerajaan Singasari sudah hancur. Hal ini dimanfaatkan oleh Raden Wijaya untuk membalas dendam kepada Jayakatwang.
Raden Wijaya bekerjasama dengan pasukan Kubilai Khan. Dalam waktu singkat, kerajaan Kediri hancur dan Jayakatwang terbunuh. Setelah itu, Raden Wijaya dan pasukannya menyerang pasukan Kubilai Khan.
Pasukan Kubilai Khan dapat dikalahkan dengan mudah. Pasukan Kubilai Khan banyak yang tewas dan sisanya melarikan diri. Setelah itu, Raden Wijaya mendirikan kerajaan Majapahit.
Raden Wijaya wafat pada tahun 1309 M dan beliau didarmakan di Candi Siwa di Simping.Kedudukannya sebagai raja digantikan oleh anaknya Kalagemet yang bergelar Sri Jayanegara.