Pesantren pertama ini dibangun pada masa Sunan Ampel yaitu pada masa pemerintahan Prabu Kertawijay dari Majapahit. Pada saat itu kerajaan Majapahit rata-rata masih menganut non Islam.
Pondok pesantren kemudian berkembang cukup pesat dan melahirkan kelompok-kelompok terpelajar. Para santri belajar bahasa Arab, Kitan Kuning, Fiqih, pendalaman Al Qur'an, tauhid, akhlak dan tradisi tasawuf.
6 Nama Pondok Pesantren Terkenal di Indonesia
Beberapa pesantren yang terkenal di Indonesia adalah sebagai berikut.
1. Pesantren Tebuireng di Jombang.
2. Pesantren Lirboboyo di Kediri.
3. Pesantren Lase di Rembang.
4. Pesantren Asembagus di Situbondo.
5. Pesantren As-Shiddiqiyyah di Jakarta.
6. Pesantren Al-Kautsar di Medan.
Itulah keenam pondok pesantren yang terkenal di Indonesia.