Pusat-pusat perdagangan yang dikuasai VOC adalah Ambon,Jayakarta dan Banda. Pusat perdagangan Jayakarta direbut Belanda pada masa Gubernur Jenderal J.P. Coen.
J.P. Coen ini kemudian membangun kota Batavia dengan gaya Belanda. Kantor VOC yang semula berada di Ambon, kemudian dipindahkan ke Batavia. VOC mampu berdiri cukup lama sekali. Namun pada tanggal 31 Desember 1799, VOC dibubarkan.
Adapun sebab VOC dibubarkan adalah sebagai berikut.
1. Pejabat-pejabat VOC melakukan korupsi dan hidup mewah.
2. VOC menanggung biaya perang yang sangat besar.
3. Kalah bersaing dengan pedagang Inggris dan Perancis.
4. Para pegawai VOC melakukan perdagangan gelap.
Pada tanggal 1 Januari 1800, kekuasaan VOC di Indonesia digantikan langsung oleh Kerajaan Belanda. Sejak saat itu, Indonesia diperintah langsung pemerintah Belanda.
Pemerintahan Kerajaan Belanda atas wilayah Indonesia ini berlangsung sampai tahun 1942. Pemerintah Belanda di Indonesia dinamakan Pemerintahan Hindia Belanda.