Masjid ini adalah perpaduan antara gaya Islam dan Hindu. Hal ini terlihat dari bentuk menaranya yang unik sebagai bangunan candi.
Sunan Kudus adalah sosok bijaksana sebagai pendiri dan pemrakarsa masjid Menara Kudus. Beliau memiliki cara yang bijaksana dalam dakwah yaitu dengan adaptasi tehadap kebiasaan pribumi yang sudah kental dengan ajaran Hindu dan Budha.
Dengan demikian, Islam bisa diterima dengan mudah oleh penduduk lokal.