Pusat kerajaan ini terletak di sebelah tenggara kota Yogyakarta, yaitu Kota Gede.
Kerajaan Mataram Islam ini berhasil mencapai puncak kejayaan pada masa pemerintahan Sultan Agung Hanyakrakusuma yang memerintah dari tahun 1613-1645 Masehi.
Hal tersebut merupakan cerminan dati kebesaran jiwa, keberanian, keuletan, dan kecakapan serta kuatnya kepribadian dari Sultan Agung tersebut.
Beliau adalah seorang militer yang ulung, organisator yang berhasil, ahli politik, ahli sastra, ahli filsafat, dan sangat mementingkan urusan agama.
Dalam sejarah Islam, Kesultanan Mataram memiliki peran yang penting dalam perjalanan sejarah kerajaan-kerajaan Islam yang ada di Nusantara.
Hal itu terlihat dari semangat raja-raja untuk memperluas daerah kekuasaan, mengislamkan para penduduk daerah kekuasaannya, hingga mengembangkan kedudayaan yang bercorak Islam di tnah Jawa.
Berikut ini ada beberapa prestasi dari Sultan Agung dari Kerajaan Mataram yang perlu diketahui.
1. Memperluas daerah kekuasaannya meliputi Jawa-Madura (kecuali Banten dan Batavia), Palembang, Jambi dan Banjarmasin.
2. Mengatur dan mengawasi wilayahnya yang luas itu langsung dari pemerintah pusatnya (Kota Gede).
3. Melakukan kegiatan ekonomi yang bercorak agraris dan maritim.
4. Mataram pengekspor beras terbesar pada saat itu.
5. Melakukan mobilisasi militer secara besar-besaran sehingga mampu menundukkan daerah-daerah sepanjang pantai utara Jawa dan mampu menyerang Belanda di Batavia sampai dua kali.
Andaikan dan andai saja Batavia tidak dipagari tembok-tembok yang tinggi, benteng-benteng yang kuat dan persenjataan yang modern, sudah pasti Batavia jatuh ke tangan Mataram.
6. Mengubah perhitungan tahun Jawa Hindu (Saka) dengan tahun Islam Hijriyah yang berdasarkan peredaran bulan sejak tahun 1633M.
7. Menyusun karya sastra yang cukup terkenal yaitu sastra Gending dan kitab Suluk.
Misalnya saja Suluk Wuji (1607M) yang berisi wejangan Sunan Bonang kepada abdi raja Majapahit yang bernama Wujil.
8. Menyusun kitab undang-undang baru yang merupakan perpaduan dari hukum Islam dengan adat istiadat Jawa yang disebut dengan Surya Alam.
Memang Kerajaan Mataram Islam ini bukanlah kerajaan Islam pertama di Indonesia, namun hasil olah Sang Sultan Agung telah menorehkan banyak perubahan kepada masyarakat Jawa.